1997年，克莱默大师创立了波罗的海室内乐团，意在培养来自波罗的海三国——爱沙尼亚、拉脱维亚和立陶宛的青年音乐家。在过去的二十多年间，乐团和它的创办人一道开展了广泛的巡演，在世界顶级的音乐节和音乐会演出场地亮相。

自成立以来，乐团已经与许多具有高知名度的指挥家和独奏家有过共事经历。在吉顿·克莱默的的领导下，乐团形成并保持着极富个性的响应力和高度的专注力，这些品质在和知名艺术家们的合作中得到进一步发展。合作的名单有：女高音杰西·诺曼，钢琴家玛尔塔·阿格里奇、叶夫根尼·基辛、奥列格·迈森贝格、米哈伊尔·普列特涅夫、丹尼尔·特里福诺夫，小提琴家莉萨·巴季阿什维利、帕特里夏·科帕奇斯卡娅、迪迪埃·洛克伍德、托马斯·泽赫梅尔，大提琴家马友友、米沙·迈斯基以及已故的鲍里斯·帕戈门齐科夫等等。

乐团的艺术造诣也在弗拉基米尔·阿什肯纳齐、克里斯托夫·艾森巴赫、米尔加·格拉钦泰拉、海因兹·霍利格尔、罗曼·科夫曼、长野健、西蒙·拉特爵士、埃萨-佩卡·萨洛宁和绍柳斯·桑德克斯等指挥家执棒的演出项目和巡演中得到了进一步提升。2003年，波罗的海室内乐团在拉脱维亚山城锡古尔达创建了属于自己的音乐节。乐团也在欧洲的主要系列音乐会中定期亮相。

波罗的海室内乐团以其策划项目的多样性和想象力而著称，乐团成员也因对于主流曲目和其它众多作品同样得心应手的演绎而扬名。乐团承担了许多作品的世界首演，其中不乏莱拉·奥尔巴赫、列昂尼德·杰夏特尼科夫、索菲娅·古拜杜丽娜、基亚·坎切利、维克托·基辛、阿尔图尔·马斯卡茨、阿尔沃·帕尔特、格奥尔格斯·佩雷西斯、亚历山大·拉斯卡托夫、拉明塔·谢尔克斯尼特、瓦伦丁·西尔韦斯特罗夫和彼得里斯·瓦斯克斯的大作。乐团演奏曲目的多样性在其唱片录制中得到了充分反映，发行的专辑涵盖广泛，从乐团与吉顿·克莱默录制的莫扎特小提琴协奏曲全集、波罗的海室内乐团版本的舒伯特与贝多芬四重奏、埃内斯库八重奏、阿斯托尔·皮亚佐拉的《探戈芭蕾》到基亚·坎切利、维克托·基辛和斯泰万·科瓦奇·蒂克梅尔作品的世界首发。

他们与泰尔迪克唱片公司、Nonesuch唱片公司、Burleske唱片公司、德意志唱片公司以及ECM唱片公司合作。2002年2月，吉顿·克莱默和波罗的海室内乐团凭借由Nonsuch唱片公司出品的《后莫扎特》夺得格莱美“最佳小乐团表演”奖，这张专辑同年又获得“古典回声大奖”。他们2014年录制、由ECM唱片公司出品的魏因贝格作品专辑获得了2015年格莱美奖提名。

2015年，德意志留声机唱片公司出品了《新季》，收录了吉顿·克莱默与波罗的海室内乐团录制的菲利普·格拉斯第二号小提琴协奏曲《美国四季》，以及帕尔特、坎切利和梅林茂作品。ECM唱片于2015年10月发行了吉顿·克莱默和波罗的海室内乐团的最新专辑以庆祝基亚·坎切利80岁生日，专辑收录了这位格鲁吉亚作曲家为小提琴、弦乐团以及打击乐所作的《明暗对比》以及他为双小提琴和弦乐团所做的《暮光》，克莱默大师和帕特里夏·科帕奇斯卡娅担任独奏。两张专辑均大受好评，在发售的几个星期内引发全球范围内众多乐迷的追捧。